それを見届けた瞬間、即ファンを止めるウェスカー、マジで性格悪すぎる。

アイザックスの矛盾、アリスの謎がついに解明！

さまざまな試練を乗り越えて（やたら牙の多い新型クリーチャー等）、ついにアリスたちはウェスカーのところまでたどり着いた。そこで彼女達を待ち構えていたのは、ウェスカーだけでなくアイザックス博士だった。

このアイザックス博士、ハイブの中にある低温貯蔵装置から起き上がったばかりのオリジナルだったのだ。つまり、例の狂信者アイザックスさえクローンであった事が判明する。散布用ワクチンを手に握ったアイザックスと対峙するアリスたちの前に、もう一人の人物が姿を現す。

その人物とは、アンブレラ社創業者でありアイザックスの手にかかってしまったジョージ・マーカスの娘a.k.aレッドクイーンのモデル、アリシア・マーカス。車椅子で登場した、初老めいた容姿である彼女の顔にはどこか見覚えがある。そこで、アイザックスの口からとんでもない事実が明かされた。

なんと我らが主人公、アリスがアリシアのクローンだったのだ！

つまりレッドクイーンはアリスの過去であり、アリシアはアリスの未来、アリシア・マークスが三人いるわけだ。だからアリスには、自分の出生や幼少期にまつわる記憶が一切なかったのである。……クローン使いすぎじゃないか？

もちろんクローンには自分がクローンだという自覚がないため、アリスはショックを受ける。しかもそんな時、生存者チームのリーダーだったドクがアンブレラ側のスパイだった事が判明する。

確実にアリスが劣勢の状況だったが、アリシアがウェスカーに「解雇する」と告げた瞬間、「アンブレラ社の社員には危害を加えてはいけない」というオーダーが解かれたレッドクイーンは、ウェスカーの頭上にある扉をおろし、彼の身動きを封じた。 ドクは発砲するものの、実はドクを疑っていたアリスによって、銃は空砲とされており。ドクはクレアに始末される。

ラスボスはオリジナルアイザックス！決戦の地は勿論……

ついにアリスとアイザックスの最後の戦いがはじまる。オリジナルのアイザックス博士は、肉体改造済みの超人と化していて（映画に出てくるやつ肉体改造しすぎ）、どこぞのアニメで見たことがあるスカウターのような機能を搭載している。そのスカウター（仮）は、アリスの攻撃パターンを事前に計算して回避できるのだ。

決戦の舞台となったのは、一作目で登場したあのレイザールームだ！　Ⅲでもアイザックスとアリスはレイザールームで戦っていたが、もしかしたらこの戦いにおける伏線だったのかもしれない？

自分の攻撃が読まれ、苦戦するアリス。レイザーで指を切り落とされるという怪我を負うが、隙を見て爆弾をアイザックスに仕込み、彼女が勝利する。

実はアリスが指を切り落とされる点も、一作目で隊員が指を切り落とされたシーンのオマージュ的要素となっている。

意外な結末、アリスの旅は続く 

散布用ワクチンを手に入れ、施設から抜け出したアリス。目前にはアンデッドの大群が押し迫っている。ワクチンを落とそうとした瞬間、なんと倒したはずのアイザックスが追いかけてきて（凄まじい生命力）、またしても一悶着が起きる。そうしているうちに、アリスを追っかけていた狂信者クローンアイザックスがその場に到着する。

クローンのアイザックスは、もう一人の自分の存在に驚き、自身がクローンだということを告げられて大パニック。クローンを甘く見ていたオリジナルアイザックスは、なんと逆上したクローンの自分に滅多刺しにされて死んでしまう。そしてクローンも、押し寄せてきたアンデッドの大群に食べられて死亡。一体なんだったんだ……という顔で見つめるアリスであったが、自分もここで最期だと決意を固くし、ついにワクチンを放った。

アンデッド大群がバタバタと倒れていく。ワクチンは効いたのだ！そしてアリス自身も、その場に倒れてしまう。

しかしアリスは再び目を覚ました。目の前にいたクレアは、ワクチンはTウィルス自体を消滅させるもので、アリスの体内からはTウィルスがなくなっただけだ、と告げる。アリスは、ハイブの爆発で亡くなったアリシアがデータに残した、彼女の幼少期の記憶を受け継ぎ、オリジナルとなる。そして、まだワクチンが拡散されていないであろう地域の生存者を救うべく、バイクに跨って旅に出るのであった。

ちなみに小説版では、その後Ⅴで救ったクローンの娘、ベッキーと再会を果たすことになる。

総括

正直、ポール監督はシリーズのほとんどで脚本を手がけているのに、設定が変わりすぎていたり、あのキャラクターはどこに行った？など（クリスのこと）、矛盾点や疑問が多々ある。今作はシリーズ最大の問題作とも言えるかもしれない。